2000年。在長野山中的九郎岳，正在進行某座神秘遺跡的挖掘工作，遺跡內的一具棺木中藏有一個佩戴石化腰帶的古尸。孰不知當調查團將棺木開啟時，亦因此喚醒了它的死敵“古朗基”。調查團立即遭到未確認生命體的襲擊而全數死亡。而在為了查出調查團被殺案件的線索，正在遺跡現場調查中的長野縣刑警一條薰面前，有一名青年突然擅自闖入。這名被一條攔下的青年，他自稱為冒險家五代雄介。終于復活的未確認生命體在長野近郊出現，并開始襲擊人們，甚至一路沖進警局。在場的雄介感應到從遺跡出土，由警方保管的腰帶狀遺物所傳來的戰士形象，在腰帶的感召與冒險家的直覺下將之裝著于腰部。雄介的身體也隨之覆上一層強化肌肉，變身后的雄介與襲擊警局的未確認生命體經過一場苦戰后終于將其擊倒。

隨著未確認生命體不斷出現于大城市東京，五代雄介下定決心為了讓周遭的人們免于恐懼，守護他們的笑容而戰……新一代假面騎士“空我”誕生！