三原火山爆發時弄醒了沉睡的哥斯拉，牠為了補充能源，先後襲擊了一艘日本漁船及蘇聯的潛航艦。日本政府反對運用核武，皆因會連累無辜的市民蒙受死傷。于是出動超級火戰機正面跟哥斯拉交鋒。同時，林田博士亦發現了哥斯拉會受一種電波影響，并且會隨它歸巢。因此打算讓哥斯拉隨電波掉進火山口，并且將哥斯拉殲滅。