白蓮教徒接下滿清大臣納蘭元述（甄子丹）所下的對付革命黨人的命令后，在廣州街頭借“扶清滅洋”的口號大肆搗亂洋人的使館、教堂等地盤，甚至連小學生也不放過，他們的舉動令黃飛鴻（李連杰）、十三姨（關之琳）與梁寬（莫少聰）異常氣憤。在某個醫學會議上，黃飛鴻與革命黨領袖孫文（張鐵林）一見如故，發現革命黨人對救國更具遠見時，他決定幫助革命黨人逃過厄運。隨后，他直搗白蓮教總壇決勝九宮真人，揭開迷信假像，又因奮慨國運衰竭民智末開，不惜與納蘭元述決一死戰。