位于東京西部的巨大“學園都市”。在總人口達230萬人，其中約8成是學生的這座都市中，實施著超能力開發的特殊課程，學生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價。在這樣的學園都市君臨能力者頂點的最強能力者·一方通行。他在僅有7人的“超能力者”當中也以遠超其他人的能力位居第一，也因為這種力量而過著充滿殺伐的日常。不斷重復、脫離常軌的“實驗”，以及在追求絕對力量的最后品嘗到的敗北。在那之后，隨著與一位少女——最后之作的相遇，他的命運產生了巨大變化。最強而最兇的“惡”——一方通行，掃平學園都市的“黑暗”!